Kesäyliopistoilla on pitkä historia Suomessa ja niiden synty ulottuu niinkin pitkälle kuin vuoteen 1912. Suomen ensimmäinen kesäyliopisto sijaitsi Jyväskylässä ja sen perustamisesta vastasi Suomalainen tiedeakatemia.
Tuohon aikaan Suomalainen koulutus oli jakautunut hyvin epätasaisesti ja monella tyäväenluokkaan kuuluvalla ei ollutkaan varaa opiskella vaikka kykyjä olisikin ollut. Alunperin ideana olikin tarjota korkeakouluopetusta ihmisille joilla ei siihen muuten olisi ollut varaa tai mahdollisuutta.
Varsinainen murros kesäyliopistojen toimintaan tuli kuitenkin 1960-luvulla, kun kesäyliopistojen määrä nousi aiemmasta kuudesta kolmeentoista. Koulutuspoliittinen keskustelu laajeni myös koskemaan koulutuksen saatavuutta ja tasoa entistä paremmin ja tämä aiheuttikin sen, että myös valtiovalta alkoi kiinnostua kesäyliopistojen tuomista mahdollisuuksista. Huomattiin että koulutus ja kouluttautuneet kansalaiset veivät muös Suomen kehitystä eteenpäin huomattavasti nopeammin kuin kouluttumattomat.
1960-luku tunnetaan historiassa yleisen kansalaisaktiivisuuden vuosikymmenenä ja heräämisen aikana. Myös kesäyliopistot hyötyivät tästä aktiivisuus aallosta. Opetus olli 60-luvulla usien seminaarityyppistä ja sillä olikin todella suuri vaikutus sekä korkeakoulupolitiikan että aluekehityksen kannalta.
1970-luvun aikana kesäyliopistot alkoivat vihdoin löytää omaa identiteettiään ja se muuttui yhdistystoiminnaksi. Kuitenkin kauppakorkeakoulun perustaminen 70-luvulla vähensi merkittävästi kesäyliopistojen asemaa oppilaitoksena. Nyt kesäyliopistot alkoivat erikoistua pätevöittymiskouluttajana sekä täydennyskoulutusten antajana.
1980-luvulla kesäyliopistojen kanssa yhteistyön aloittivat Harrastelijateatteriliitto sekä Vapaa Sivistystoiminnan liitto. Esimerkiksi nukketeatterikoulutukset tulivatkin yllättävän suosituiksi. Kouluttajina toimivat kotimaiset ja ulkomaiset kouluttajat. Opintotarjontaan otettiin myös muita taiteenlajeja sekä kasvatuspsykologiaa.
1990-luku näkyi selvästi myös kesäyliopistoissa, kun laman kurittamat opiskelijat olivat monet vaille töitä jääneitä korkeakoulu opiskelijoita. Tänä vuosikymmenenä aloitettiin myös ikäihmisille tarkoitetut kurssit, joista tulikin hyvin äkkiä todella suosittuja.
2000-luvulla tieto-ja viestintätekniikka otti vallan kesäyliopistojen tarjonnassa. Paitsi opekelussa myös opintosuoritteissa tietotekniikka nousi entistä tärkeämmäksi osa alueeksi. Tietotekniikka on myös mahdollistanut kurssitarjonnan siirtymisen entistä enemmän verkkoon ja nyt kesäyliopistoilla on tarjota opiskelijoilleen pelkästään verkossa käytäviä koulutuksiakin.